Publication
Whole genome sequencing of Landim pigs from Mozambique to unravel ancestry and selection
| dc.contributor.advisor | Amaral, Andreia | |
| dc.contributor.advisor | Gama, Luís Lavadinho Telo da | |
| dc.contributor.author | Teixeira, Fábio Miguel da Cruz | |
| dc.date.accessioned | 2024-04-11T13:05:50Z | |
| dc.date.embargo | 2026-04-30 | |
| dc.date.issued | 2023-12-20 | |
| dc.description | Mestrado em Engenharia Zootécnica - Produção Animal. Universidade de Lisboa, Instituto Superior de Agronomia, Faculdade de Medicina Veterinária | pt_PT |
| dc.description.abstract | The Landim pigs of Mozambique are an important local breed raised by small-scale farmers in extensive system, predominantly sustained by leftover food. These pigs serve as a cornerstone for the economic stability of these communities. However, their existence is currently jeopardized by unregulated crossbreeding with commercial pig breeds. Preserving these local pigs is crucial due to their role as a source of genetic diversity. To this end, we have conducted whole genome resequencing on six Landim pigs, characterizing their genetic makeup and establishing their relationship with other pig breeds worldwide. Our findings indicate that Landim pigs are more closely related to European cosmopolitan breeds, particularly showing a closer genetic relation with Angolan pigs. Furthermore, we have identified genetic signatures linked to enhanced meat quality and reproductive traits. This ground-breaking whole genome characterization of Landim pigs lays the groundwork for future conservation initiatives. | pt_PT |
| dc.description.abstract | Os suínos Landim de Moçambique representam uma importante raça local, criada por agricultores familiares num sistema de produção extensivo, predominantemente alimentados com restos de comida. Estes suínos servem como pedra angular para a estabilidade económica destas comunidades. No entanto a sua existência está atualmente ameaçada pelo cruzamento não regulado com raças de suínos comerciais. Preservar estes suínos locais é crucial devido ao seu papel como fonte de diversidade genética. Para este fim, realizámos a resequenciação do genoma de seis suínos Landim, caracterizando sua composição genética e investigando a sua relação com outras raças de suínos no mundo. Os resultados deste estudo indicam que os suínos Landim têm maior semelhança genética com as raças cosmopolitas europeias, mostrando elevada semelhança com os porcos locais angolanos. Apesar desta semelhança os porcos Landim apresentaram um grau de diferenciação que sugere que tenham alelos únicos na espécie. A análise de assinaturas de seleção genética mostrou que a seleção destes animais poderá ter incidido em regiões do genoma associadas a caraterísticas relacionadas com a qualidade da carne e com características reprodutivas. Este trabalho demonstrou que os suínos Landim são um recurso genético único e e que devem ser desenvolvidas futuras iniciativas no âmbito da sua conservação. | pt_PT |
| dc.description.version | N/A | pt_PT |
| dc.identifier.citation | Teixeira, F.M.C. Whole genome sequencing of Landim pigs from Mozambique to unravel ancestry and selection. Lisboa: ISA-Universidade de Lisboa, 2023, 67 p. Dissertação de Mestrado | pt_PT |
| dc.identifier.tid | 203569059 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10400.5/30727 | |
| dc.language.iso | eng | pt_PT |
| dc.publisher | Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa | pt_PT |
| dc.relation | Centre for Interdisciplinary Research in Animal Health | |
| dc.relation | Associate Laboratory for Animal and Veterinary Sciences | |
| dc.relation | Genome and Epigenome enabled integrative approaches for characterization and genetic improvement of indigenous livestock breeds in Portuguese-speaking countries | |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | pt_PT |
| dc.subject | pigs | pt_PT |
| dc.subject | selection | pt_PT |
| dc.subject | África | pt_PT |
| dc.subject | landim | pt_PT |
| dc.subject | whole genome sequencing | pt_PT |
| dc.subject | suínos | pt_PT |
| dc.subject | seleção | pt_PT |
| dc.subject | resequenciação de genoma | pt_PT |
| dc.title | Whole genome sequencing of Landim pigs from Mozambique to unravel ancestry and selection | pt_PT |
| dc.type | master thesis | |
| dspace.entity.type | Publication | |
| oaire.awardTitle | Centre for Interdisciplinary Research in Animal Health | |
| oaire.awardTitle | Associate Laboratory for Animal and Veterinary Sciences | |
| oaire.awardTitle | Genome and Epigenome enabled integrative approaches for characterization and genetic improvement of indigenous livestock breeds in Portuguese-speaking countries | |
| oaire.awardURI | info:eu-repo/grantAgreement/FCT/6817 - DCRRNI ID/UIDB%2F00276%2F2020/PT | |
| oaire.awardURI | info:eu-repo/grantAgreement/FCT/6817 - DCRRNI ID/LA%2FP%2F0059%2F2020/PT | |
| oaire.awardURI | info:eu-repo/grantAgreement/FCT/CEEC IND4ed/2021.02058.CEECIND%2FCP1691%2FCT0001/PT | |
| oaire.fundingStream | 6817 - DCRRNI ID | |
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| oaire.fundingStream | CEEC IND4ed | |
| project.funder.identifier | http://doi.org/10.13039/501100001871 | |
| project.funder.identifier | http://doi.org/10.13039/501100001871 | |
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| project.funder.name | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | |
| project.funder.name | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | |
| project.funder.name | Fundação para a Ciência e a Tecnologia | |
| rcaap.embargofct | (...)embargo por 2 anos da dissertação intitulada “Whole genome sequencing of Landim pigs from Mozambique to unravel ancestry and selection” por conter dados relevantes em fase de publicação em revistas da especialidade. | pt_PT |
| rcaap.rights | embargoedAccess | pt_PT |
| rcaap.type | masterThesis | pt_PT |
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