A carregar...
Publicação
In silico analysis of mycobacteriophage Ms6
| Nome: | Descrição: | Tamanho: | Formato: | |
|---|---|---|---|---|
| 1.55 MB | Adobe PDF |
Autores
Orientador(es)
Resumo(s)
Isolated in 1989, Ms6 is a renowned temperate mycobacteriophage that earned a spot as model of mycobacteriophage-induced lysis. Despite the studies on the lytic operon, the remainder of the genome of Ms6 was kept mostly unexplored. A modern next generation sequencing, followed by a complete genome annotation, enlightens several aspects concerning this phage. The genome is composed of linear double stranded DNA, with 54252 bp of length and a GC content of 61,5%. The closest homologues of Ms6 are Dlane and Shauna1. The similarities between Ms6 and these and many other F1 clustered phages allow its allocation to this group although 11 ORFs present a first BLASTp hit that is not a gene product of a F1 phage.
A total of 105 ORFs were identified, of which 43 were given a putative function according to a combination between location in the genome, homology with previously characterized proteins, existence of conserved motifs or structural similarities. The integrase gene divides the genome in two genomic arms, the left and the right. Within the left arm of the genome, it is possible to distinguish genes with structural roles, such as the head and the tail assembly genes and genes required for processes like packaging and lysis. The right arm is less conserved than its left counterpart and comprises ORFs involved either in DNA modification, like exonucleases or methylases, or in phage regulation, for example the WhiB factor or proteins with helix-turn-helix DNA binding motifs. Besides the pin gene and its phage resistance properties, other interesting features include a possible virion associated lysin and a protein that might encourage homologous recombination.
Isolado em 1989, o Ms6 é um micobacteriófago temperado pertencente à família Siphoviridae e que infecta Mycobacterium smegmatis. Apesar dos estudos já efectuados sobre a integração e sobre a lise das micobactérias induzida pelo Ms6, o restante genoma do Ms6 permaneceu maioritariamente por explorar. Através de Next Generation Sequencing, seguido de uma completa anotação do genoma, foi possível esclarecer alguns aspetos relativos a este fago. O genoma é composto por uma dupla cadeia linear de DNA, contendo 54252 bp e um conteúdo em GC de 61,5%. Os fagos mais semelhantes ao Ms6 são o Dlane e o Shauna1. A homologia entre o Ms6 e estes fagos, bem como com muitos outros fagos do subcluster F1, permitem a sua inclusão neste grupo, apesar de 11 ORFs apresentarem um primeiro resultado de BLASTp que não corresponde a proteínas de fagos F1. Foram identificadas 105 ORFs e foi possível atribuir uma função a 43 das mesmas, por combinação de informação proveniente da sua localização no genoma, homologia com proteínas previamente caracterizadas e presença de motivos conservados ou analogias estruturais. A gene que codifica para a integrase divide o genoma em dois ramos, o esquerdo e o direito. Dentro do ramo esquerdo do genoma, é possível distinguir genes com um papel estrutural, tais como os que codificam proteínas da cápside ou da cauda, e genes necessários a processos como o empacotamento do DNA ou a lise da célula hospedeira. O ramo direito é menos conservado e contém genes envolvidos na modificação do DNA, tais como os que codificam exonucleases ou metilases, ou na regulação do fago, codificando o factor WhiB ou proteínas com domínios de ligação ao DNA do tipo HTH. Além do gene pin, cujo produto confere resistência à superinfeção, outros elementos interessantes incluem uma possível lisina associada ao virião e uma proteína que pode estimular a recombinação homóloga.
Isolado em 1989, o Ms6 é um micobacteriófago temperado pertencente à família Siphoviridae e que infecta Mycobacterium smegmatis. Apesar dos estudos já efectuados sobre a integração e sobre a lise das micobactérias induzida pelo Ms6, o restante genoma do Ms6 permaneceu maioritariamente por explorar. Através de Next Generation Sequencing, seguido de uma completa anotação do genoma, foi possível esclarecer alguns aspetos relativos a este fago. O genoma é composto por uma dupla cadeia linear de DNA, contendo 54252 bp e um conteúdo em GC de 61,5%. Os fagos mais semelhantes ao Ms6 são o Dlane e o Shauna1. A homologia entre o Ms6 e estes fagos, bem como com muitos outros fagos do subcluster F1, permitem a sua inclusão neste grupo, apesar de 11 ORFs apresentarem um primeiro resultado de BLASTp que não corresponde a proteínas de fagos F1. Foram identificadas 105 ORFs e foi possível atribuir uma função a 43 das mesmas, por combinação de informação proveniente da sua localização no genoma, homologia com proteínas previamente caracterizadas e presença de motivos conservados ou analogias estruturais. A gene que codifica para a integrase divide o genoma em dois ramos, o esquerdo e o direito. Dentro do ramo esquerdo do genoma, é possível distinguir genes com um papel estrutural, tais como os que codificam proteínas da cápside ou da cauda, e genes necessários a processos como o empacotamento do DNA ou a lise da célula hospedeira. O ramo direito é menos conservado e contém genes envolvidos na modificação do DNA, tais como os que codificam exonucleases ou metilases, ou na regulação do fago, codificando o factor WhiB ou proteínas com domínios de ligação ao DNA do tipo HTH. Além do gene pin, cujo produto confere resistência à superinfeção, outros elementos interessantes incluem uma possível lisina associada ao virião e uma proteína que pode estimular a recombinação homóloga.
Descrição
Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2017
Palavras-chave
Ms6 Bacteriophage Mycobacteria Genome Annotation Mestrado Integrado - 2017