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Utilização de modelos multi-evento captura-marcação-recaptura para determinar parâmetros epidemiológicos e o desempenho de testes de diagnóstico serológicos : exemplo da mixomatose e doença hemorrágica viral do coelho
| dc.contributor.advisor | Santos, Nuno Gonçalo Carvalho Caroço dos | |
| dc.contributor.advisor | Vaz, Yolanda Maria | |
| dc.contributor.author | Pacheco, Henrique Manuel Coelho | |
| dc.date.accessioned | 2021-09-17T14:53:56Z | |
| dc.date.available | 2021-09-17T14:53:56Z | |
| dc.date.issued | 2021-07-29 | |
| dc.description | Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária | pt_PT |
| dc.description.abstract | O coelho bravo é uma espécie chave sendo responsável pelo equilíbrio de inúmeros ecossistemas, bem como pela manutenção de muitas espécies. Com o aparecimento da Mixomatose e da Doença Hemorrágica Viral, verificou-se um declínio muito acentuado do número de coelhos, o que levou a que esta espécie fosse considerada em risco de extinção. Os estudos realizados em vida selvagem podem-se basear em estudos longitudinais, estimando parâmetros eco epidemiológicos. A grande maioria destes ensaios depende de dados serológicos e da exatidão dos testes de diagnóstico utilizados. As abordagens clássicas para estimar o desempenho diagnóstico dependem de outro ensaio assumido como referência ou de amostras de estado de infeção conhecido. Contudo, em estudos de vida selvagem ou com patógenos recentes, as abordagens descritas raramente se encontram disponíveis. Os dados recolhidos de ensaios longitudinais podem ser analisados através de modelos multi-eventos de captura-marcação-recaptura (MECMR), contabilizando a incerteza na atribuição do estado, enquanto determinam os parâmetros epidemiológicos pretendidos. Com este estudo, procurou-se confirmar a hipótese de que, ao contabilizar a incerteza na atribuição de estados, os MECMR conseguem estimar o desempenho diagnóstico dos ensaios serológicos. Avaliou-se esta hipótese utilizando dados obtidos de duas populações da subespécie do sudoeste ibérico de coelho bravo (Oryctolagus cuniculus algirus). As amostras recolhidas foram utilizadas para realizar um teste serológico para o vírus mixoma (MYXV) e três testes serológicos para o vírus da doença hemorrágica do coelho (DHV), dois para a variante GI.1 e um para a variante GI.2. Foi utilizado um método já comprovado, modelos de mistura finita, para determinar o ponto de corte ótimo e a Sensibilidade (Se) e a Especificidade (Sp) de cada um dos testes. Utilizou-se os MECMR para determinar qual o teste serológico mais eficaz, sendo este aquele que apresenta os valores de Se e Sp mais elevados. Por fim, comparou-se, num intervalo de pontos de corte, a variação da Se e da Sp entre os modelos MECMR e de mistura finita. O teste serológico empregando antigénios GI.2 foi o mais eficaz para o vírus da DHV, apresentando resultados mais realistas quando comparado com os restantes testes. Nos pontos de corte ideais, as estimativas da Se e Sp foram totalmente concordantes entre os modelos MECMR e de mistura finita. A sobrevivência dos coelhos europeus seropositivos para MYXV ou DHV foi superior à dos coelhos seronegativos. Conclui-se que os modelos MECMR podem estimar, de forma fiável, o desempenho diagnóstico dos ensaios serológicos. | pt_PT |
| dc.description.abstract | ABSTRACT - ABSTRACT - The wild rabbit is a key species being responsible for the balance of numerous ecosystems, as well as for the maintenance of many other species. With the appearance of infectious diseases, Myxomatosis and Viral Haemorrhagic Disease, there has been a sharp decline in the total number of rabbits, which has led to this species being considered at risk of extinction. Studies conducted in wildlife can be based on longitudinal studies, estimating ecoepidemiological parameters. The vast majority of these trials rely on serological data and the accuracy of the diagnostic tests used. Classical approaches to estimating diagnostic performance rely on another assay assumed as a reference or on samples of known infection status. However, in wildlife studies or with recent pathogens, the approaches described are rarely available. Data collected from longitudinal assays can be analysed using capturemarking-recapture multi-event models (MECMR), accounting for uncertainty in state assignment while determining the intended epidemiological parameters. With this study, we sought to confirm the hypothesis that by accounting for uncertainty in state assignment, MECMRs can estimate the diagnostic performance of serological assays. We evaluated this hypothesis using data obtained from two populations of the southwestern Iberian wild rabbit subspecies (Oryctolagus cuniculus algirus). The samples collected were used to perform one serological test for myxoma virus (MYXV) and three serological tests for rabbit haemorrhagic disease virus (DHV), two for the GI.1 variant and one for the GI.2 variant. A proven method, finite mixture models, was used to determine the optimal cutoff point and the Sensitivity (Se) and Specificity (Sp) of each of the tests. The MECMRs were used to determine which serological test was most effective, the one with the highest Se and Sp values. Finally, the variation in Se and Sp between the MECMR and finite mixture models was compared over a range of cut-off points. The serological test employing GI.2 antigens was the most effective for DHV virus, showing more realistic results when compared to the other tests. At the optimal cut-off points, the estimates of Se and Sp were in complete agreement between the MECMR and finite mixture models. Survival of European rabbits seropositive for MYXV or RHDV was higher than that of seronegative rabbits. It is concluded that MECMR models can reliably estimate the diagnostic performance of serological assays. | pt_PT |
| dc.description.version | N/A | pt_PT |
| dc.identifier.citation | Pacheco HMC 2021. Utilização de modelos multi-evento captura-marcação-recaptura para determinar parâmetros epidemiológicos e o desempenho de testes de diagnóstico serológicos : exemplo da mixomatose e doença hemorrágica viral do coelho [dissertação de mestrado]. Lisboa: Universidade de Lisboa. | pt_PT |
| dc.identifier.tid | 202792781 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10400.5/21861 | |
| dc.language.iso | por | pt_PT |
| dc.publisher | Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina Veterinária | pt_PT |
| dc.subject | Coelho bravo | pt_PT |
| dc.subject | Mixomatose | pt_PT |
| dc.subject | Doença Hemorrágica Viral | pt_PT |
| dc.subject | MECMR | pt_PT |
| dc.subject | Modelos de mistura finita | pt_PT |
| dc.subject | Wild rabbit | pt_PT |
| dc.subject | Myxomatosis | pt_PT |
| dc.subject | Rabbit Haemorrhagic Viral Disease | pt_PT |
| dc.subject | MECMR | pt_PT |
| dc.subject | Finite mixture models | pt_PT |
| dc.title | Utilização de modelos multi-evento captura-marcação-recaptura para determinar parâmetros epidemiológicos e o desempenho de testes de diagnóstico serológicos : exemplo da mixomatose e doença hemorrágica viral do coelho | pt_PT |
| dc.type | master thesis | |
| dspace.entity.type | Publication | |
| rcaap.rights | openAccess | pt_PT |
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