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- Prospective study pain intensity in cancer : (Estudo PROSPIC)Publication . Pina, Paulo Sérgio dos Reis Saraiva, 1970-; Barbosa, António José Feliciano; Lawlor, Peter GerardiNTRODUÇÃO A dor associada ao cancro (DAC) afecta indubitavelmente a qualidade de vida dos doentes. Dada a natureza multidimensional da DAC, o seu tratamento inadequado é muitas vezes atribuído a uma avaliação deficiente e a uma classificação arbitrária. Em doentes com DAC, a identificação de uma dor com componente neuropática (DCN) influencia a selecção das intervenções analgésicas. De igual modo, o reconhecimento de eventos transitórios de exacerbação da dor, amplamente referidos como “dor episódica”, representa um ingrediente importante da atenção multidimensional. Estes surtos de agravamento da DAC, distintos da dor basal (i.e., a dor que dura >12horas por dia), nem sempre são categorizados de forma consensual. O fraco entendimento sobre a DAC e a prescrição inadequada de analgesia, sem considerar todos os alvos terapêuticos, podem condicionar uma adulteração do tempo necessário para controlar e estabilizar a dor (TCED). A intensidade da dor e o seu subtratamento; a DCN; a dor episódica; a angústia psicológica; a adição de álcool ou drogas ilícitas; o uso de opioides (e doses) e de fármacos adjuvantes; e o TCED constituem alguns dos resultados em saúde que podem explicar a complexidade da gestão da dor em doentes oncológicos. OBJECTIVOS Na perspectiva de involucrar o doente na gestão da sua DAC é fundamental que ele tenha a opção de relatar, descrever e avaliar a sua percepção de dor. No fundo, almeja-se uma aproximação à tríade da neuromatriz particular de dor (sensação, emoção, cognição) por via da subjectividade de uma descrição individual. Pode esta subjectividade da dor (quanto lhe dói?), avaliada numa primeira consulta, representar parte da complexidade da gestão da DAC? Pode uma valorização subjectiva da DAC ter uma correspondência clínica, objectivável, num seguimento longitudinal e prospectivo? Numa amostra de doentes com DAC, referenciados consecutivamente para uma Clínica de Dor Oncológica (CDO), pretendeu-se com o estudo PROSPIC (Prospective Study of Pain Intensity in Cancer): • Objectivo 1- determinar as características e os factores associados à intensidade da DAC no momento de admissão dos doentes numa CDO. • Objectivo 2- determinar a adequação do tratamento da DAC e dos seus factores preditivos no momento de admissão dos doentes numa CDO. • Objectivo 3- determinar a prevalência, as características e os preditores de DCN no momento de admissão dos doentes numa CDO. • Objectivo 4- determinar as associações e os preditores de dor episódica, concretamente de dor irruptiva (IRRU) e de dor incidental (INCID), no momento de admissão dos doentes numa CDO. • Objectivo 5- determinar o TCED e identificar os seus preditores no momento de admissão dos doentes numa CDO. MATERIAIS E MÉTODOS O estudo PROSPIC (Prospective Study of Pain Intensity in Cancer) foi realizado de modo longitudinal, prospectivo (70 dias) e observacional, com a participação de doentes com DAC consecutivamente referenciados para uma CDO. Cada doente teve três consultas externas (inicial; na 5.ª e na 10.ª semanas) e recebeu oito telefonemas pré-agendados, semanalmente. Cada doente preenchia o seu “diário de dor”. Para cada participante foram registados os dados relativos a: tumor primário; metástases; tratamentos para a dor e modificadores do cancro (último mês); duração da dor; mecanismo da dor; Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG); Escala Hospitalar de Ansiedade e Depressão (HADS); Termómetro de Emoções (TERM); Inventário Breve da Dor (IBD); Índice de Gestão da Dor (IGD) cujo status negativo significava subtratamento da dor; Dor Neuropática em 4 Questões (DN4) cujo status positivo significava DN4>4; IRRU e INCID; dose diária equivalente de morfina (DDEM); Foram definidos como “resultados em saúde” as seguintes variáveis dependentes: • Objectivo 1- intensidade da dor inicial (IDI); • Objectivo 2- IGD; • Objectivo 3- DCN; • Objectivo 4- IRRU (dor episódica espontânea) e INCID (dor episódica com gatilho identificável); • Objectivo 5- TCED. A presença de IRRU ou INCID, segundo a definição do PROSPIC, deveria estar consubstanciada em intensidades de dor ≥4, auto-avaliadas pelos doentes usando uma escala numérica graduada de zero a dez. O TCED foi definido como o tempo decorrido (dias) desde a avaliação inicial até se alcançar uma situação em que, cumulativamente, o doente: durante 3 dias consecutivos; avaliasse a sua dor como sendo ≤3 (escala numérica de zero a dez); necessitasse de <3 doses de resgates de opioides. Para concretizar os Objectivos 1 a 4 foram implementados quatro estudos de desenho transversal com análises relativas ao momento de admissão dos doentes na primeira consulta da CDO. Para concretizar o Objectivo 5, a investigação foi longitudinal, prospectiva, com análise de sobrevivência do “tempo até ao evento” durante os 70 dias de seguimento dos doentes. RESULTADOS Nos quatro estudos transversais do PROSPIC foram escrutinados 459 doentes, sendo excluídos 88 por terem dor não oncológica (n=69), não terem cancros activos (n=16) e recusarem o consentimento (n=3). A amostra final incluiu 371 doentes: mulheres (n=199, 53.6%); idade 62.1±14.3 anos; alta proporção de tumores da cabeça/pescoço (n=92, 24.8%) e baixa de tumores do pulmão (n=10, 2.7%); doença metastática (n=263, 71%), sobretudo óssea (n=129, 34.8%); ECOG 0-2 (n=309, 83.3%); depressão (n=280, 75.5%) e ansiedade (n=262, 70.6%); história de adição de substâncias (n=86, 23.2%); com dor moderada a severa (n=285, 77%); duração da dor >3 meses (n=179, 48.2%). Tratamentos à admissão, feitos há <30 dias: quimioterapia (n=167, 45.0%); radioterapia (n=176, 47.4%); cirurgia (n=112, 30.2%); nenhum opioide (n=42, 11.3%); adjuvantes (n=210, 56.6%); objectivo paliativo (n=176, 47.4%). A DDEM mediana era baixa, de 30 mg (20-60). No seguimento longitudinal e prospectivo, para além dos 88 excluídos, outros 52 doentes foram eliminados da análise por já terem alcançado o TCED no início do estudo. Da amostra final (n=319), morreram 72 (22.6%) e 14 (4.4%) foram “perdidos” no seguimento. A idade média era 62.4±14.4 anos e 163 (51.1%) eram mulheres. A doença metastática estava presente em 240 (71%) participantes, sobretudo a óssea (37%). O cancro da cabeça/pescoço foi o mais comum, afectando 86 (27%) doentes. O objectivo paliativo do tratamento foi documentado em 52.7% da amostra e a maioria (81.5%) tinha ECOG de 0-2. Antes da admissão no estudo, os participantes tinham realizado cirurgia (32%), quimioterapia (46.7%) e radioterapia (50.8%). CONCLUSÕES São factores explicativos de IDI: maior rendimento mensal; status funcional baixo; tumores da cabeça/pescoço, genito-urinários e gastro-intestinais; uso de fármacos 14 Paulo Reis Pina – Tese de Doutoramento – FMUL – 2020 adjuvantes; e DDEM inicial. A diversidade de factores associados à IDI e a explicação limitada da sua variância enfatizam a complexidade biopsicossocial da DAC. Um em cada quatro doentes oncológicos apresenta subtratamento da sua DAC, o qual está associado independentemente ao género feminino; pontuações elevadas da "interferência da dor com a actividade geral"; radioterapia recente; prescrição de adjuvantes; DCN; necessidade de ajuda emocional; e maior alívio sentido com a medicação prescrita antes da primeira consulta. Um em cada três doentes oncológicos tem DCN, que está associada independentemente a quimioterapia e cirurgia recentes; uso de analgésicos adjuvantes; IRRU e INCID; maior duração da dor; maior IDI; e localização pélvica ou perineal da dor. A DCN deve ser diagnosticada precocemente e tratada de forma adequada para melhorar a qualidade de vida dos doentes com cancro. Entre os doentes referenciados para uma CDO, a IRRU e a INCID ocorrem frequentemente, com prevalências de 37.7% e 48.8%, respectivamente. A IRRU e a INCID estão ambas associadas a: DCN, maiores IDI e DDEM. Ademais, foram encontradas associações independentes positivas entre a IRRU e a dor localizada na cabeça/pescoço; a INCID e a radioterapia recente; a INCID e a dor afectando os tecidos moles. As associações independentes foram negativas, quer entre a IRRU e a dor abdominal, quer entre a IRRU e a INCID. A maioria dos doentes oncológicos consegue controlar e estabilizar a sua dor, embora possa demorar algumas semanas. A mediana do TCED foi de 22 (19-25) dias. O género feminino, a DCN, a utilização de adjuvantes e uma história de abuso de álcool/drogas predizem um TCED mais longo, enquanto a dor associada a tecidos moles e a idade mais avançada predizem um TCED mais curto. A avaliação global da DAC, a sua classificação apropriada e a adequação do seu tratamento deveriam ser mais investigadas. Urgem medidas apropriadas, quer de âmbito educacional, quer a nível das políticas de saúde, que pudessem combater o subtratamento da DAC e, consequentemente, o sofrimento evitável. A melhoria do conhecimento científico sobre a DAC conduzirá, inevitavelmente, ao exercício pleno de um direito fundamental: toda a pessoa humana deve ter acesso a um plano eficiente para controlar e estabilizar a sua dor.
- Accounting for flow intermittency in environmental flows designPublication . Acuña, Vicenç; Jorda‐Capdevila, Dídac; Vezza, Paolo; De Girolamo, Anna Maria; McClain, Michael E.; Stubbington, Rachel; Pastor, Amandine V.; Lamouroux, Nicolas; Schiller, Daniel; Munné, Antoni; Datry, ThibaultRiver ecosystems world‐wide are affected by altered flow regimes, and advanced science and practice of environmental flows have been developed to understand and reduce these impacts. But most environmental flows approaches ignore flow intermittency, which is a natural feature of 30% of the global river network length. Ignoring flow intermittency when setting environmental flows in naturally intermittent rivers might lead to deleterious ecological effects. We review evidence of the ecological effects of flow intermittency and provide guidance to incorporate intermittency (non‐flow events) into existing methods judged as suitable for application in temporary waterways. To better integrate non‐flow events into hydrological methods, we propose a suite of new indicators to be used in the range of variability approach. These indicators reflect dry periods and the unpredictable nature of temporary waterways. We develop a predictability index for protecting those species adapted to temporary conditions. For hydraulic‐habitat models, we find that mesohabitat methods are particularly effective for describing complex habitat dynamics during dry phases. We present an example of the European eel to show the relationship between discharge and non‐flow days and wet area, habitat suitability and connectivity. We find that existing holistic approaches may be applied to temporary waterways without significant structural alteration to their stepwise frameworks, but new component methods are needed to address flow‐related aspects across both flow and non‐flow periods of the flow regime. Synthesis and applications. Setting environmental flow requirements for temporary waterways requires modification and enhancement of existing approaches and methodologies, most notably the explicit consideration of non‐flow events and greater integration of specific geomorphic, hydrogeologic and hydraulic elements. Temporary waterways are among the freshwater ecosystems most vulnerable to alterations in flow regimes, and they are also under great pressure. The methodological modifications recommended in this paper will aid water managers in protecting key components of temporary flow regimes, thereby preserving their unique ecology and associated services.
- Populações baseadas em multisets para algoritmos evolutivosPublication . Manso, António Manuel Rodrigues; Correia, Luís Miguel Parreira eOs algoritmos evolutivos simulam a evolução natural de uma população de indivíduos aplicando iterativamente operadores genéticos, recombinação, mutação e seleção dos mais aptos. O processo evolutivo pode ser visto como um processo de otimização. Nesse caso, os indivíduos representam soluções do problema e as variáveis do problema são codificados no equivalente aos genes. Estes algoritmos podem ser facilmente implementados e existem variantes especializadas para resolver várias classes de problemas. Uma das maiores dificuldades apresentadas por estes algoritmos é a convergência prematura da população para soluções sub-ótimas antes do espaço de procura ser devidamente explorado. Várias estratégias foram desenvolvidas para reduzir este risco e, neste trabalho, estudamos a possibilidade de substituir a representação da população. Tradicionalmente as populações são representadas como coleções de indivíduos e nesta tese propomos a sua substituição por um multiconjunto (multiset). Esta nova forma de representação das populações, que denominamos multipopulações, permite manipular um conjunto de genomas e os seus clones, multi-indivíduos, de uma forma muito eficiente. Adaptamos o processo evolutivo para otimizar multipopulações, estudamos o seu comportamento em vários tipos de algoritmos e problemas e desenvolvemos operadores genéticos especializados para trabalhar com a nova representação. Em resultado disso obtemos uma forma inovadora de manter uma elevada diversidade genética na população. As experiências realizadas permitiram-nos compreender melhor a dinâmica que a nova representação introduz no processo evolutivo e mostrar a sua eficácia.
- Enhancing collective happiness in the city: Felicitas publica and the availability of relational goodsPublication . Marujo, H.; Neto, L.; Casais, M.
- Metodologias Analíticas Inovadoras Baseadas em Microextração Adsortiva em Barra (BAμE) para a Monitorização de Contaminantes e Substâncias de Abuso Emergentes em Matrizes Ambientais e BiológicasPublication . Ahmad, Samir Marcos; Nogueira, José Manuel FlorêncioA monitorização vestigial de contaminantes e substâncias de abuso emergentes em matrizes ambientais e biológicas é uma tarefa de grande relevância na sociedade contemporânea, exigindo sempre uma etapa de ‘preparação da amostra’ prévia à análise instrumental. Neste contexto, são recorrentemente adotadas técnicas de microextração que promovam o enriquecimento dos analitos alvo por forma a incrementar a sensibilidade e a seletividade das metodologias analíticas. As técnicas de microextração estática têm vindo a adquirir notoriedade, uma vez que, para além de apresentarem bom desempenho e custo-benefício adequado, contemplam ainda os princípios da Química Analítica Verde. A técnica de microextração adsortiva em barra (BAμE), em particular, destaca-se das demais, uma vez permitir selecionar a melhor fase sorvente para determinada aplicação, apresentar elevada simplicidade e robustez, para além de comprovada eficácia no enriquecimento de classes de compostos com diferentes propriedades físico-químicas em diversos tipos de matrizes. A presente dissertação propõe metodologias analíticas inovadoras baseadas em BAμE para a monitorização vestigial de contaminantes (ex., produtos farmacêuticos e de higiene pessoal, etc.), bem como de substâncias de abuso (ex., canabinóides sintéticos, etc.) emergentes em matrizes ambientais (ex., água estuarina, etc.) e biológicas (ex., urina, etc.). Durante o desenvolvimento, foram introduzidos diversos avanços por forma a melhorar o desempenho analítico da técnica, em particular com recurso a novos materiais sorventes (ex., hidrocarbonizados porosos, etc.) para revestimento dos dispositivos, assim como a introdução de uma nova configuração experimental, a BAμE de alto rendimento (HT-BAμE). Esta abordagem inovadora possibilita, de forma simples e conveniente, a microextração e subsequente retroextração de até 100 amostras em simultâneo. Globalmente, os resultados demonstraram que as metodologias propostas são simples, amigas do ambiente e com custobenefício vantajoso. As inovações propostas evidenciaram grande abrangência, versatilidade, eficiência e robustez, sendo alternativas inequívocas sempre que as aplicações exijam tomadas de decisão rápidas.
- Effect of high hydrostatic pressure challenge on biogenic amines, microbiota, and sensory profile in traditional poultry- and pork-based semidried fermented sausagePublication . Borges, Ana F.; Cozar, Almudena; Patarata, Luis; Gama, Luis; Alfaia, Cristina; Fernandes, Maria J.; Fernandes, Maria H.; Perez Vergara, Herminia; Fraqueza, M. J.The processing of traditional poultry- and pork-based semidried fermented smoked sausages needs to bemodernized to improve product quality and further extend its shelf life. The aim of the present study was to applydifferent combinations of high pressure (300 to 600 MPa) and time (154 to 1,800 s) on the sausages using an experimentaldesign based on response surface methodology. The chemical, microbial, and sensory characteristics of sausages treatedwith high-pressure processing (HPP) were investigated. HPP application to semidried fermented sausages resulted incolor changes, which could be dependent on the ingredients, formulation, and smoking conditions used. Nevertheless,none of the HPP treatments applied resulted in detectable changes in sensory properties, as tested in a triangle test andconfirmed by the analysis of focus groups assessment. Significant differences were detected for lactic acid bacteria (LAB)counts from 344 MPa and 1,530 s onward, with a marked decrease for the combination of 600 MPa and 960 s (P<0.05).Coagulase-negativestaphylococcishowed higher tolerance to the increase in pressure than LAB. HPP induced a microbialreduction onEnterobacteriaceae, molds, and yeasts, minimizing the production of the main biogenic amines. However,the polyamines (spermine and spermidine) increased since their metabolic use by microorganisms did not occur. Giventhe reduction of the main spoilage microbial indicators with no detectable sensory changes observed with the binomialcondition of 600 MPa and 960 s, this was chosen as the optimal combination to be further applied.
- Supercharacter theories for discrete algebra groupsPublication . Lochon, Jocelyn; André, Carlos Alberto Martins AndréThe goal of this thesis is the extension of a construction of a supercharacter theory (first established for finite groups) to the context of infinite countable discrete groups, namely, for amenable countable discrete algebra groups. By an algebra group we mean a group of the form G = 1+A where A is an associative nil algebra over a field K, which generalize the group Un(K) consisting of all unipotent uppertriangular n_n-matrices over K. We may think about a supercharacter theory for a finite group as an approximation of the usual irreducible character theory, and it as been proved to provide a rich alternative to deal with the group representation theory. The success of supercharacter theories for finite groups motivates its generalization to infinite countable discrete groups, since there is a well defined character theory for these groups. We develop a standard supercharacter theory that simultaneously extends the standard finite supercharacter theory, and allows us to deal with different types of algebra groups (depending on the the characteristic of K and on the K-dimension of A) for which “typical” approaches do not work. Our supercharacter theory translates into an ergodic framework, where supercharacters are defined by certain ergodic measures on the Pontryagin dual group of the abelian additive group A+. This identification makes possible to present, not only integral expressions (over orbital closures) for supercharacter values, but also canonical unitary representations affording supercharacters. We pay special attention to algebra groups realized as direct limits of finite algebra groups, which are locally nilpotent groups. For these groups, there is an innermost relationship with the finite standard supercharacter theory. Furthermore, our supercharacter theory establishes a link between the usual methods used when dealing either with nilpotent discrete groups or direct limits of finite groups. This is exemplified with the two infinite unitriangular groups of positive characteristic: the unitriangular group Un(F) over an algebraic closed field of prime characteristic, and the locally finite unitriangular group U∞(Fq) over a finite field.
- A niche perspective on the range expansion of symbiontsPublication . Mestre, Alexandre; Poulin, Robert; Hortal, JoaquínRange expansion results from complex eco-evolutionary processes where range dynamics and niche shifts interact in a novel physical space and/or environment, with scale playing a major role. Obligate symbionts (i.e. organisms permanently living on hosts) differ from free-living organisms in that they depend on strong biotic interactions with their hosts which alter their niche and spatial dynamics. A symbiotic lifestyle modifies organism–environment relationships across levels of organisation, from individuals to geographical ranges. These changes influence how symbionts experience colonisation and, by extension, range expansion. Here, we investigate the potential implications of a symbiotic lifestyle on range expansion capacity. We present a unified conceptual overview on range expansion of symbionts that integrates concepts grounded in niche and metapopulation theories. Overall, we explain how niche-driven and dispersal-driven processes govern symbiont range dynamics through their interaction across scales, from host switching to geographical range shifts. First, we describe a background framework for range dynamics based on metapopulation concepts applied to symbiont organisation levels. Then, we integrate metapopulation processes operating in the physical space with niche dynamics grounded in the environmental arena. For this purpose, we provide a definition of the biotope (i.e. living place) specific to symbionts as a hinge concept to link the physical and environmental spaces, wherein the biotope unit is a metapopulation patch (either a host individual or a land fragment). Further, we highlight the dual nature of the symbionts' niche, which is characterised by both host traits and the external environment, and define proper conceptual variants to provide a meaningful unification of niche, biotope and symbiont organisation levels. We also explore variation across systems in the relative relevance of both external environment and host traits to the symbiont's niche and their potential implications on range expansion. We describe in detail the potential mechanisms by which hosts, through their function as biotopes, could influence how some symbionts expand their range – depending on the life history and traits of both associates. From the spatial point of view, hosts can extend symbiont dispersal range via host-mediated dispersal, although the requirement for among-host dispersal can challenge symbiont range expansion. From the niche point of view, homeostatic properties of host bodies may allow symbiont populations to become insensitive to off-host environmental gradients during host-mediated dispersal. These two potential benefits of the symbiont–host interaction can enhance symbiont range expansion capacity. On the other hand, the central role of hosts governing the symbiont niche makes symbionts strongly dependent on the availability of suitable hosts. Thus, environmental, dispersal and biotic barriers faced by suitable hosts apply also to the symbiont, unless eventual opportunities for host switching allow the symbiont to expand its repertoire of suitable hosts (thus expanding its fundamental niche). Finally, symbionts can also improve their range expansion capacity through their impacts on hosts, via protecting their affiliated hosts from environmental harshness through biotic facilitation.
- Estado, território, população: As ideias, as políticas e as técnicas de colonização interna no Estado NovoPublication . Silva, Elisa Lopes da; Sobral, José Manuel; Ágoas, FredericoEsta dissertação analisa a colonização interna e as colónias agrícolas durante o Estado Novo em função de três eixos: as ideias e as políticas estatais, a administração do Estado e as técnicas colonizadoras. Ao longo de dez capítulos, investiga-se de que modo a colonização interna contribuiu para os processos de institucionalização dos poderes do Estado moderno. Concebida enquanto ideia, política e técnica de reorganização da ocupação e posse de terra e de engenharia social, conclui-se que a colonização interna foi uma proposta de articulação específica entre território e população promovida pelo Estado moderno. Com a criação da Junta de Colonizaçao Interna e da Junta Autónoma das Obras de Hidráulica Agrícola no Estado Novo, a vontade de transformação da natureza hídrica do território, essencial à modernização agrícola, associou-se a formas de reestruturação agrária. Estuda-se assim a forma como a colonização interna, após ter sido concebida pelo reformismo agrário desde finais do século XIX, ajudou a definir as áreas de intervenção e os mecanismos de poder do Estado Novo, contribuindo para a formação das políticas de nacionalismo económico dos anos trinta e de desenvolvimentismo do pós-segunda guerra mundial. Além das ideias e das políticas, esta tese percorre as modalidades e as práticas colonizadoras da administração do Estado, dos planos colonizadores para os baldios aos planos de colonização de sequeiro do Sul. Discurso nacionalista histórico sobre a nação portuguesa, a colonização interna é aqui estudada sob a óptica transnacional através da inserção das políticas, dos saberes, das técnicas e dos agentes colonizadores nas redes de produção e circulação de conhecimento das políticas dos Estados da Europa do Sul (Espanha e Itália). Na segunda parte, dedicada às técnicas colonizadoras, a tese analisa a concepção (científica) e a instalação (técnica e administrativa) de cada uma das sete colónias agrícolas construídas pelo Estado entre 1926 e 1958: Milagres, Martim Rei, Barroso, Alvão, Boalhosa, Pegões e Gafanha.
- Neural network pricing of american put optionsPublication . Gaspar, Raquel; Lopes, Sara D.; Sequeira, BernardoIn this paper we use neural networks (NN), a machine learning method, to price American put options. We propose two distinct NN models – a simple one and a more complex one. The performance of two NN models is compared to the popular Least-Square Monte Carlo Method (LSM). This study relies on market American put option prices, with four large US companies as underlying – Bank of America Corp (BAC), General Motors (GM), Coca-Cola Company (KO) and Procter and Gamble Company (PG). Our dataset includes all options traded from December 2018 to March 2019. All methods show a good accuracy, however, once calibrated, NNs do better in terms of execution time and Root Mean Square Error (RMSE). Although on average both NN models perform better than LSM, the simpler model (NN model 1) performs quite close to LSM. On the other hand our NN model 2 substantially outperforms the other models, having a RMSE ca. 40% lower than that of the LSM. The lower RMSE is consistent across all companies, strike levels and maturities.