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Genomes of Helicobacter pylory prophages
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Resumo(s)
Helicobacter pylori é uam bactéria Gram-negativa que infecta o estômago de mais de metade da população humana, pelo que é umas das infecções mais frequentes no mundo. A principal patologia associada a H. pylori é a gastrite, que pode permanecer assintomática. Outras patologias associadas a esta bactéria incluem a úlcera péptica, que atinge cerca de 20% dos infectados, e o cancro gástrico, desenvolvido em menos de 1% dos casos. A bactéria H. pylori partilha com o hospedeiro humano a mesma história evolutiva, estimando-se que esta associação date de há mais de 100.000 anos, tendo desde então coevoluído com o hospedeiro humano. De facto, H. pylori caracteriza-se pela sua estrutura filogeográfica estar dividida em populações que reflectem as migrações humanas desde a sua diáspora a partir de África. Esta bactéria tem uma grande variabilidade genética, devido a uma taxa de mutação elevada, mas sobretudo pela sua alta frequência de recombinação, que torna H. pylori uma das bactérias mais recombinogénicas. Para a variabilidade do seu genoma contribuem também os elementos com mobilidade genética. No presente trabalho foram estudados os fagos de H. pylori que são, entre os elementos com mobilidade genética de H. pylori, aqueles com menos caracterização. […]
Helicobacter pylori is a Gram-negative bacterium that infects over half of the human population. Most of the colonized people remain asymptomatic but near 20% of them develop serious gastroduodenal diseases like peptic ulcer or gastric cancer. H. pylori shares a co-evolutionary history with the human host presenting similar phylogeographic structure. H. pylori is characterize by its high genome diversity attributed to high mutation and recombination rates. Mobile genomic elements also contribute for the genetic diversity of H. pylori. In the present study prophages, the least characterized mobile elements of H. pylori are studied using next generation sequencing and bioinformatics tools for genome assembly, comparison and phylogenetic analysis. […]
Helicobacter pylori is a Gram-negative bacterium that infects over half of the human population. Most of the colonized people remain asymptomatic but near 20% of them develop serious gastroduodenal diseases like peptic ulcer or gastric cancer. H. pylori shares a co-evolutionary history with the human host presenting similar phylogeographic structure. H. pylori is characterize by its high genome diversity attributed to high mutation and recombination rates. Mobile genomic elements also contribute for the genetic diversity of H. pylori. In the present study prophages, the least characterized mobile elements of H. pylori are studied using next generation sequencing and bioinformatics tools for genome assembly, comparison and phylogenetic analysis. […]
Descrição
Tese de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2017
Palavras-chave
Helicobacter pylori Profago Coevolução Filogeografia Interacção fago-bactéria hospedeira Teses de mestrado - 2017