Browsing by Author "Gomes, Pedro Miguel Bule"
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- Divergent cellulosome architecture in rumen bacteria : structure and function studies in cohesin-dockerin complexes of Ruminococcus flavefaciensPublication . Gomes, Pedro Miguel Bule; Fontes, Carlos Mendes Godinho de Andrade; Najmudin, ShabirProtein-protein interactions play a vital role in many cellular processes as exemplified by the assembly of the cellulosome, a bacterial multi-enzyme complex that efficiently degrades cellulose and hemicellulose. Cellulosome assembly involves the high-affinity binding of type I enzyme-borne dockerins to repeated cohesin modules located on non-catalytic structural proteins termed scaffoldins. In addition, the complex is anchored into the bacterial surface through the binding of a scaffoldin type II dockerin to cell-bound cohesins. Initially, the architecture and organization of cellulosomes was thought to rely uniquely on type I and type II cohesin-dockerin interactions. It was recently suggested that cellulosomes from rumen bacteria are organized through different mechanisms involving a third type of cohesin-dockerin complexes. Thus, the genome of the major ruminal bacterium Ruminococcus flavefaciens FD-1 revealed a particularly elaborate cellulosome system that is assembled from a library of more than 200 different components through divergent cohesin-dockerin pairs. Providing structural insights for the specificity displayed by the increasing repertoire of cohesin-dockerin interaction is not only of fundamental importance but essential for the development of novel cellulosome based tools. The present work aimed to identify the molecular basis for the organization of R. flavefaciens cellulosome by dissecting the structural basis of cohesin-dockerin specificity in cellulosomes of rumen bacteria. The data revealed a collection of unique cohesin-dockerin interactions, supporting the functional relevance of dockerin classification in groups based on primary sequence similarity. In addition, R. flavefaciens cellulosome is assembled through a mechanism involving single but not dual-binding mode dockerins. This contrasts with the majority of the cellulosomes described to date where dockerins generally present two similar cohesin-binding interfaces, supporting a dual-binding mode. To illustrate this, the structures of two cohesin-dockerin complexes containing an Acetivibrio cellulolyticus dual-binding mode dockerin were solved. Finally, structural information was used to engineer a dockerin presenting a dual cohesin specificity, revealing the plasticity of the cohesin-dockerin platform to design novel protein-protein interactions.
- Traumatismo craniano : contribuição da craniectomia descompressiva para a sobrevivência de pacientes caninos com hipertensão intracraniana traumática refractária ao tratamento médico : estudo retrospectivoPublication . Gomes, Pedro Miguel Bule; Almeida, Nuno Gonçalo Paixão Amaral dos Santos; Ferreira, António José AlmeidaO traumatismo crânio-encefálico (TCE) grave está associado a uma taxa de mortalidade muito elevada e é cada vez mais comum na clínica de pequenos animais. Isto deve-se em grande parte ao crescente número de animais domésticos e consequentemente de acidentes rodoviários envolvendo esses mesmos animais. A lesão cerebral causada pelo TCE tem duas componentes essenciais: a primária que diz respeito à lesão mecânica causada pelas forças de aceleração, desaceleração, rotação e compressão que actuam sobre o crânio e cérebro no momento do impacto e a secundária que se refere a um número de alterações metabólicas e bioquímicas que se auto-perpetuam e agravam o quadro inicial. A formação de hematomas e edema cerebral de origem vascular e citotóxica vão aumentar o volume do conteúdo intracraniano o que, devido à natureza não expansível do crânio, vai levar ao aumento da pressão intracraniana (PIC) e compromisso da perfusão e oxigenação cerebrais. Quando não controlada a hipertensão intracraniana leva à hérnia cerebral e à morte do animal. A abordagem terapêutica à vítima de TCE e hipertensão intracraniana ainda é algo controversa pois não existem evidências clínicas e experimentais suficientes para elaborar um protocolo definitivo. É no entanto inquestionável que esta deverá ser expediente e agressiva. No estudo retrospectivo aqui apresentado procura-se avaliar a eficácia de uma técnica de descompressão cirúrgica como meio de reduzir a PIC e assim contribuir para a sobrevivência de pacientes vítimas de hipertensão intracraniana traumática. Foram para isso recolhidos os dados de 86 indivíduos de espécie canina vítimas de TCE fechado grave, tendo 40 deles sido submetidos a uma craniectomia descompressiva de urgência e os restantes 46 tratados apenas de forma conservativa, com recurso à hiperventilação controlada e à terapêutica hiperosmolar. As taxas de sobrevivência acumulada às 72 horas foram de 4,3% e 15% respectivamente para os grupos de controlo e cirúrgico. Não foi no entanto encontrada relação estatisticamente significativa entre a realização da craniectomia e a probabilidade de sobrevivência dos indivíduos. Concluiu-se então que não houve relação entre a realização de craniectomia descompressiva de urgência e a sobrevivência dos pacientes sendo no entanto necessários mais estudos para que se possam fazer afirmações neste sentido.