Martins, Elisabete Raquel FerreiraRodrigues, Milani Sibell2022-07-192024-01-272022-01-27http://hdl.handle.net/10451/53868Tese de mestrado, Microbiologia Clínica e Doenças Infeciosas Emergentes, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2021A infeção causada por S. agalactiae consiste em uma das principais causas de doença invasiva neonatal em todo o mundo. Este trabalho teve como objetivo fazer uma análise fenotípica e genotípica de uma coleção de 83 estirpes de S. agalactiae isoladas de recém-nascidos e bebés até os três meses de idade com doença invasiva, provenientes de diferentes instituições de saúde de Portugal entre o período de 2016 e 2019. Todas as estirpes foram caracterizadas por sequenciação genómica incluindo a técnica de Multilocus sequence typing (MLST). Os serotipos III e Ib foram os mais dominantes, juntos representando cerca de 80% de toda a coleção de estirpes. Comparativamente com o estudo anterior, houve uma mudança na prevalência dos serotipos causando infeção invasiva entre recém-nascidos com o serotipo Ib sobrepondo o serotipo inicialmente dominante Ia. Mais de metade das estirpes foram agrupadas no CC17, com destaque para a linhagem genética hipervirulenta representada pelo ST17/III/rib/PI-1+PI-2b. Um subconjunto destas estirpes apresentando apenas PI-2b, observado anteriormente em estirpes do CC17 de recém-nascidos em Portugal (2015), foi novamente encontrado também apresentando vários genes de resistência antimicrobiana. Todas as estirpes do estudo eram sensíveis a penicilina, apesar de um pequeno número de estirpes (3,6%) apresentarem a substituição G398A na PBP2x que geralmente é associada a diminuição de suscetibilidade à penicilina. A resistência à eritromicina e clindamicina foi de 29% para ambos entre 2016 e 2019, maior que a observada no estudo anterior em Portugal (2015). O aumento da resistência aos macrólidos está associado ao aumento da nova linhagem genética do Ib/ST1, resultado de um processo de substituição capsular, um fenómeno raro mas que tem sido observado em Portugal. A expansão de clones emergentes com resistência aos macrólidos e lincosamidas e de estirpes multirresistentes aos antimicrobianos destacam a necessidade urgente de vigilância contínua das infeções invasivas e não invasivas causadas por S. agalactiae.S. agalactiae infection is one of the world’s leading causes for invasive neonatal disease. This paper aimed to perform a phenotypical and genotypic analysis of a collection of 83 strains of S. agalactiae isolated from newborns and infants up to three months old with an invasive disease, from different healthcare institutions in Portugal from 2016 until 2019. All the strains were identified via genomic sequencing including Multilocus sequence typing (MLST) technique. Serotypes Ib and III were the most prevalent jointly making up roughly 80% of the entire strains collection. Compared to the previous study there was a change in the serotype prevalence causing invasive infection in newborns with serotype Ib overtaking the previously dominant Ia. More than half of the strains were grouped into CC17 with emphasis on the hypervirulent genetic lineage ST17/III/rib/PI-1+PI-2b. A subset of these strains showing only PI-2b, previously observed in CC17 strains from newborns in Portugal (2015), was again detected also displaying several antimicrobial resistance genes. All the study’s strains were sensitive to penicillin although a small group (3,6%) presented the G398A replacement in the PBP2x that is generally associated with a reduced sensitivity to penicillin. Erythromycin and clindamycin resistance was 29% for both between 2016 and 2019, superior to that which was observed in the previous study in Portugal (2015). The increase in macrolide resistance is associated with the increase in the new Ib/ST1 genetic lineage as a result of a capsular replacement process, a rare phenomenon but one that has been observed in Portugal. The expansion of macrolide and lincosamides resistant emerging clones and of antimicrobial multi resistant strains highlight the urgent need of continued vigilance of invasive and non-invasive infectious diseases caused by S. agalactiae.porStreptococcus agalactiaeInfeção invasiva neonatalEpidemiologia molecularResistência antimicrobianaTeses de mestrado - 2021master thesis202935108