Oliveira, Maria Manuela Castilho Monteiro deBernardo, Fernando Manuel d’AlmeidaSeixas, Rui Emanuel Antunes de2017-07-132017-07-132017-04-10Seixas, R.E.A. (2017). Virulence of Salmonella typhimurium 1,4,[5],12:i:- : the new emergent strain. Tese de Doutoramento. Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina Veterinária, Lisboa.http://hdl.handle.net/10400.5/13925Tese de Doutoramento em Ciências Veterinárias na Especialidade Sanidade AnimalSalmonella serovar 1,4,[5],12:i:- is presently considered one of the major serovars responsible for human salmonellosis worldwide. A multidisciplinary approach, including the fields of epidemiology, spatial statistics, clinical and applied microbiology was used to perform an extensive characterization of Salmonella 1,4,[5],12:i:- isolates obtained by the National Health Institute Dr. Ricardo Jorge, which was lacking due to the recent emergence. It was observed that cases are reported in most districts, being more frequent in the Portuguese coastland. Spatial statistical analysis showed a significant geographic clustering, pointing out for the importance of evaluating these areas to identify risk factors, in order to establish adequate prevention programs. The most relevant antimicrobial profile in this serovar is the tetra-resistance pattern (R-type ASSuT), displaying resistance to ampicillin, streptomycin, sulphonamides and tetracyclines. A high occurrence of R-type ASSuT isolates was observed in the isolates under study, with the majority harboring the resistance genes frequently associated with the European clone, namely blaTEM, sul2, straA-straB, tetB. Additionally, resistance to quinolones and 3rd generation cephalosporin was also detected. In Portugal, the rapid spread of Salmonella 1,4,[5],12:i:- R-type ASSuT might be related with the diversity of pulsotypes and also the presence of a core of virulence factors, including biofilm production. Biofilm-forming ability varied between sample locations and collection year, and can be one of the virulence features related with the rise of this serovar. Furthermore, biofilm formation was evaluated in vitro using a simulated human intestinal environment. In such conditions was observed an impairment of biofilm production, revealing that conditions mimicking the human intestinal tract can influence the biofilm-forming ability of the isolates under study. This research highlight the critical importance of close surveillance of Salmonella 1,4,[5],12:i:- in Portugal, including R-type ASSuT isolates. Information gathered may unravel Salmonella 1,4,[5],12:i:- features, prevent the dissemination to other regions and also benefit the medical community in order to rationalize salmonellosis antimicrobial therapeutics.RESUMO - Virulência de Salmonella Typhimurium 1,4,[5],12:i:-, a nova estirpe pandémica* - Salmonella é uma bactéria Gram-negativa pertencente à família Enterobacteriaceae, sendo uma das principais responsáveis pela morbilidade e mortalidade associadas a toxinfecções alimentares. Pode manifestar-se num espectro de sintomatologia variado, incluindo a gastroenterite, a bacteriémia e a infecção focal. Este género incluí mais de 2600 serovares descritos, distribuídos por apenas duas espécies: Salmonella enterica que inclui todos os serovares patogénicos para os humanos e Salmonella bongori. Actualmente, um dos principais serovares responsáveis pela salmonelose humana em todo o mundo é o 1,4,[5],12:i:-. Este serovar é uma variante monofásica de Salmonella Typhimurium, muito semelhante a nível molecular, sendo caracterizado pela ausência da expressão do gene fljB. Devido à sua recente emergência, estudos que avaliem este serovar são escassos, particularmente em Portugal, o que definiu o âmbito desta investigação, que teve como objectivo a caracterização epidemiológica e microbiológica, tanto do ponto de vista fenotípico e genotípico, de isolados de Salmonella 1,4,[5],12:i:- obtidos em Portugal a partir de diferentes origens, incluindo amostras humanas, animais e ambientais. Numa primeira fase foi realizada uma caracterização demográfica, epidemiológica e espacial de todos os casos de Salmonelose 1,4,[5],12:i:- humana notificados em Portugal pelo Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge (INSA), durante um período de 10 anos, desde 2001 a 2011. Foram recolhidos dados sobre a origem, ano e mês de amostragem, género, idade, distrito e município de residência dos pacientes. Foi realizada a análise estatística descritiva, bem como, a análise estatística espacial através do software SaTScan™, combinada com análise através de software de georeferenciação, o QGIS™, de forma a caracterizar a epidemiologia e identificar agrupamentos espaciais de risco superior de infecção por Salmonella 1,4,[5],12:i:- em Portugal. Globalmente, observou-se que em Portugal, a maioria dos distritos tem casos notificados de infecção por Salmonella 1,4,[5],12:i:-. Verificou-se também um aumento da incidência durante o intervalo de 2004 a 2011, com um maior número de casos na região litoral do país, incluindo distritos como Porto, Lisboa e Aveiro, o que pode ser explicado pela maior densidade populacional nestas áreas. A maioria das infecções ocorreu durante Maio e Outubro, e o menor número em Fevereiro, afectando principalmente indivíduos jovens.[...]*O autor escreve segundo o antigo Acordo OrtográficoengBiofilmR-type ASSuTVirulence factorsPortugalSalmonella 1,4,[5],12:i:-Biofilmefactores de virulênciadoctoral thesis101412118