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fastsimcoal2: demographic inference under complex evolutionary scenarios
Publication . Excofffier, Laurent; Marchi, Nina; Marques, David Alexander; Matthey-Doret, Remi; Gouy, Alexandre; Sousa, Vitor C
fastsimcoal2 is a continuous time coalescent-based genetic simulation program. It extends fastsimcoal by enabling the estimation of demographic parameters under very complex scenarios from the site frequency spectrum under a maximum-likelihood framework. Other improvements include multi-threading, handling of population inbreeding, extended input file syntax facilitating the description of complex demographic scenarios, and more efficient simulations of sparsely structured populations and of large chromosomes.
2021-06Artigo científico Acesso aberto Ver mais

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Contribuidores

Financiadores

Entidade financiadora

Fundação para a Ciência e a Tecnologia

Programa de financiamento

CEEC INST 2018

Número da atribuição

CEECINST/00032/2018/CP1523/CT0008

ID